Scena z gry na ciemnej arenie w modyfikacji Heroes V: ARENA do Heroes of Might and Magic V

Duke Nukem 3D: Savior of Babes to rozbudowana modyfikacja oparta na EDuke32, która zamienia grę w maksymalnie agresywny i widowiskowy akcji. Duke staje się znacznie silniejszy, otrzymuje przerobiony arsenał, nowe ulepszenia, wzmocnienia i zdolności, walcząc z hordami kosmitów i ratując "babes".

Duke Nukem Forever 2013 to fanowski mod do Duke Nukem 3D, odtwarzający pomysły z trailera z 2001 roku. Zawiera 5 poziomów, nowe lokacje od neonowego Las Vegas po tamę Hoovera, wrogów oraz widowiskowe sceny, takie jak przejażdżka na motocyklu i osiołku, a także ducha "tego" Duke'a, na którego czekaliśmy 12 lat.

Sweet Half-Life: Relit to nieoficjalne wznowienie moda Sweet Half-Life, które czyni go kompatybilnym z nowymi wersjami gry i zawiera przepracowane mapy, broń, potwory, efekty i wiele więcej.

Duke Nukem 3D: High Resolution Pack (HRP) to mod graficzny, który zastępuje oryginalne tekstury i sprite'y gry wersjami wysokiej jakości oraz modelami 3D. Ulepsza on oprawę wizualną Duke Nukem 3D i umożliwia uruchamianie gry w nowoczesnych portach OpenGL z bardziej szczegółową grafiką.

The Moment of Genesis to duży mod od chińskich deweloperów, który skupia się głównie na przebudowie rozgrywki, dodaniu nowych jednostek, budynków i poprawie efektów wizualnych.